O Programa de pós-graduação da ENCE atualmente tem um curso de mestrado e de doutorado stricto sensu e outro curso de especialização lato sensu.
Os cursos de pós-graduação são abertos a candidatos diplomados em cursos de graduação, sujeitos às normas de processo seletivo público específico, dispostas em edital aprovado pela Comissão de Ensino e Pesquisa e divulgado neste espaço.
O curso de mestrado acadêmico em Estudos Populacionais e Pesquisas Sociais foi criado em 1998 e, desde então, tem selecionado estudantes anualmente. Em 2013, o curso passou a denominar-se Pós-Graduação em População, Território e Estatísticas Públicas, alinhado com as atividades desenvolvidas nas linhas de pesquisa, com a continuidade do curso de mestrado e inicio do curso de doutorado em 2015.
O curso de pós-graduação stricto sensu destina-se à formação de mestres e doutores, a estimular e promover a pesquisa científica, a assegurar formação abrangente, aprofundada, eficaz e de alto padrão técnico, bem como a formar o professorado nas áreas de atuação da Escola.
O Curso de Especialização em Análise Ambiental e Gestão do Território, iniciado em 1997, tem por objetivo aprimorar a formação e a qualificação profissional daqueles que pretendem atuar ou que já atuam como planejadores, nas esferas pública e privada, formulando e implementando estratégias de apropriação e de uso dos recursos naturais orientadoras dos processos de gestão e organização do espaço territorial.